银杏树种子的肉质外种皮含白果酸、白果醇及白果酚，有毒。

山东银杏果含有小毒物质：氢氰酸、白果酸、氢化白果酸、氢化白果亚酸、白果酚、白果醇。所以食用时应注意白果的食用方式。如果煮熟食用，可以使白果酸和白果二酸分解，氢氰酸沸点低易挥发而去除，因此熟白果的毒性较小。为了预防银杏中毒，熟食、少食是其根本方法。医药界认为，生白果应控制在**10粒左右，过量食用会引起腹痛、发烧、呕吐、抽搐等症状。 

有些人喜欢用银杏叶片泡水喝，这有一定的危险，银杏叶中含有有毒成份，服用剂量过大或时间较长，会危害心脏健康。